С 1811 по 1817 год здесь воспитывался Пушкин, здесь он нашел преданных друзей, до конца дней сохранивших верность нерушимому лицейскому братству, здесь, «близ вод, сиявших в тишине», юному поэту стала «являться муза». Первый лицейский выпуск, впоследствии названный пушкинским, оказался самым блистательным. Имена многих соучеников Пушкина вошли в историю. Среди них — дипломат А. М. Горчаков, поэты А. А. Дельвиг, В. К. Кюхельбекер, адмирал, историограф русского флота Ф. Ф. Матюшкин, декабрист И. И. Пущин.

Музей воссоздает обстановку, в которой жили и учились лицеисты I выпуска. На основе архивных материалов восстановлены Большой зал, Газетная комната, Библиотека (в ней  хранятся подлинные книги лицейской библиотеки), учебные классы, спальни воспитанников, а также квартира гувернера и учителя рисования С. Г. Чирикова.

6 июня 2024 года, в день 225-летия со дня рождения поэта, были открыты мемориальные залы второго этажа Лицея: шинельная, буфетная, столовая, больница, аптека, зала Конференции. Общая площадь — 345 м2.